ცხენის ისტორია 60 მილიონი წლის წინ ჩრდ. ამერიკის ტერიტორიაზე იწყება. იმ დროინდელი ცხენის წინაპარი - Protorohippus სულ რაღაც 10 კილოგრამს იწონიდა, კიდურებზე ჩლიქების ნაცვლად კი თითები ჰქონდა. წინა ფეხებზე 4, ხოლო უკანებზე სამ-სამი თითი. ეს განპირობებული იყო იმ დროინდელი კლიმატით. 60 მილიონი წლი წინ ჩრდ. ამერიკის ტერიტორია დაფარული იყო ტყეებითა და სხვადასხვა მცენარეული საფარით. დროთა განმავლობაში კლიმატის ცვლილებამ გავლენა იქონია ცხენის ევოლუციაზეც, ნიადაგის გამაგრებამ და გამოფიტვამ, გამოიწვია ცხენის კუდურებზე არსებული თითების შეხორცება და ჩლიქის ჩამოყალიბება. გარემო პირობების შედეგად განუვითარდა კიდურები, მოემატა ძალა და სისწრაფე. ეს გამოწვეული იყო არამხოლოდ კლიმატის ცვლილების გამო, არამედ მტაცებლებისგან თავის დაცვის მიზნითაც.

ჯერ კიდევ კვლევის საგანს წარმოადგენს ცხენის გამოჩენა ევრაზიის და აფრიკის კონტინენტზე, ეს უნდა მომხდარიყი 1 – 2,5 მილიონი წლის წინ. მეცნიერები ვარაუდობენ, რომ ამ პერიოდში ალიასკა და დღევანდელი რუსეთის ტერიტორია ხმელეთით უკავშირდებოდა ერთმანეთს. სწორედ ეს გზა გაიარეს ცხენებმა აზიის კონტინენტზე გადმოსასვლელად და შემდგომ ევროპაში და აფრიკაშიც გავრცელდნენ. ამის გამომწვევი მიზეზი ერთერთი ვერსიით დიდი გამყინვარების დაწყება უნდა გამხდარიყო.
10 000 წლის წინ კი, ისევე როგორც სხვა ბევრი ძუძუმწოვარი ცხოველი ცხენებიც გადაშენდნენ ჩრდ. ამერიკის ტერიტორიაზე.
დაახლოებით 4500 წლის წინ ადამიანმა პირველად მოიშინაურა ცხენი, რამაც საბოლოოდ შეცვალა მსოფლიო და ის უფრო პატარა გახადა. ცხენის მოშინაურებით შემცირდა გადაადგილების დრო, დაიწყო მეურნეობის განვითარება, ომები უფრო დიდი და სასტიკი გახდა. პირველი მსოფლიო ომის დროსაც კი ცხენი ისევ აქტიურად გამოიყენებოდა გადამზიდ - გამწევ ძალად. შეგვიძლია ვთქვათ, რომ 4500 წლის წინ დაწყებული ადამიანისა და ცხენის ურთიერთობა, ძალიან მჭიდრო კავშირში იყო 20ე საუკუნის შუახანებამდე, სანამ ძრავმა და სამეურნეო ტექნოლოგიების განვითარებამ არ შეამცირა ცხენის როლი და ჩართულობა ადამიანის ყოველდღიურ საქმიანობაში.

თანამედროვე ცხენის წინაპრად ითვლება „პრჟევალსკის ცხენი“, ერთადერთი შემორჩენილი ველური ცხენი, რომელიც არ მოუშინაურებიათ. პოლონური წარმოშობის რუსმა სამხედრო ოფიცერმა და გეოგრაფმა, შემდგომში უკვე გენარალ-მაიორმა ნიკოლაი პრჟევალსკიმ (1839-1889 წ.) 1879 წელს ცენტრალური აზიის ტერიტორიაზე, მონღოლეთში აღმოაჩინა ეს ჯიში, რის შემდეგაც მას „პრჟევალსკის ცხენი“ ეწოდა.
მისმა რაოდენობამ კრიტიკულ ზღვარს 1960იან წლებში მიაღწია, რის შემდეგაც მისი დაცვა და გამრავლებაზე ზრუნვა გადაწყვიტეს. თუ კი, 1945 წელს მათი რაოდენობა მხოლოდ 13 ერთეული იყო, 2014 წლისთვის მათმა რაოდენობამ უკვე 388 მიაღწია.
დღეს არსებული ცხენები და მათი მონათესავე ცხოველები, ვირი და ზებრა გაერთიანებული არიან Equus ჯგუფში.